Клан Сенджу считался одним из сильнейших кланов, которого опасались другие. Происхождение клана базируется на решении Рикудо Сеннина разделить свою силу на двух воинов. Младший стал основателем клана Сенджу. Единственный клан, который, по словам Мадары, был способен тягаться с кланом Сенджу был клан Учиха.
Оба клана были врагами со времен Рикудо Сеннина, так как клан Учиха был основан старшим из двух воинов и тот вечно сражался против младшего. Из-за этого между кланами зародилась ненависть и они сражались снова и снова.
Когда оба клана устали от вечных битв, они решили соединиться и вместе со страной огня создать деревню по имени Конохагакуре. Однако Сенджу всё больше и больше подавляли Учих. В установлении законов и распределении власти в Конохе, Учиха Мадара, лидер Учих, и Сенджу Хаширама, предводитель клана Сенджу и будущий Хокаге, были разного мнения, что привело к ссоре. В долине завершения они сражались друг против друга и первый Хокаге победил.